K nejzajímavějším exponátům patří nejmenší dochovaná normálně rozchodná parní lokomotiva v České republice. V současné době zahrnuje sbírkový fond zhruba 200 exponátů a souborů, z toho 7 lokomotiv a 25 vagónů normálního rozchodu, 1 autobus smluvně v létě provozovaný v Jindřichově Hradci a od roku 2004 též provozní přenosnou úzkokolejnou drážku o rozchodu 650 mm se dvěma motorovými lokomotivami a deseti vozy.
Muzeum je umístěné ve venkovském sídle vybudovaném zakladatelem klobouckého akciového cukrovaru Kašparem Vopršalem v roce 1848, které následně vlastnil jeho zeť, předseda vlády Jan Malypetr. V prostorách výtopny je výstava lokomotiv a nákladních vozů ze sbírkového fondu muzea, vyrobených v letech 1897 až 1955. Nový areál se nachází v Lisovicích, městské části Zlonic, necelý 1 kilometr západně od zlonického nádraží.
